Covid 19: reporte epidemiológico molecular de Neuquén y Río Negro

El Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-COV-2 (Proyecto PAIS), consorcio interdisciplinario de científicas y científicos argentinos coordinado por la Dra. Mariana Viegas del Laboratorio de Virología Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez y creado desde el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación, compartió un informe sobre las distintas situaciones epidemiológicas de las Provincias de La Pampa, Neuquén y Río Negro.
En el informe se reportan 74 secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de muestras clínicas de pacientes con la COVID-19 de las provincias mencionadas: 29 secuencias de Neuquén, 28 de Río Negro y 17 de La Pampa. Los resultados fueron obtenidos por los Nodos de Secuenciación de la provincia de Neuquén y de la CABA. Las muestras fueron aportadas por el Laboratorio Central de Neuquén, Laboratorio de la Dirección de Epidemiología de Santa Rosa, Laboratorio Central Sección Virología de Hospital Regional Artémides Zattide Viedma, Laboratorio MICROBIOM de General Roca y Laboratorio del Hospital Zonal Dr. Ramón Carrillo de San Carlos De Bariloche.
Situación epidemiológica de la provincia de Neuquén
Al 31 de agosto de 2020 en la provincia se habían registrado un total de 9185 casos, de los cuales 3159 fueron confirmados.
En esta provincia se observó la presencia de tres linajes de SARS-CoV-2 (B.1.1, B.1.3 y B.1.1.1) con fuerte predominio del B.1.1, cuya circulación está asociada posiblemente con una sola introducción. La misma, ya fue observada desde los primeros meses de pandemia y se diseminó no sólo en Neuquén sino también en diferentes ciudades de la provincia de Rio Negro pertenecientes al Alto Valle del Rio Negro -comunicadas por la RN 22-. En este grupo se observaron varios eventos de diversificación compatibles con circulación sostenida y con la información epidemiológica registrada.
Situación epidemiológica de la provincia de Río Negro
Al 27 de agosto del 2020, la provincia había analizado un total de 17701 casos sospechosos de la COVID-19, con 5264 casos confirmados.
En Río Negro se observó la presencia de tres linajes (B.1.1, B.1.3 y B.1.1.1) con una distribución geográfica particular para cada uno. Como ya mencionó anteriormente, las muestras del linaje B.1.1 (provenientes de la zona del Alto Valle y zona Atlántica) se asociaron con secuencias de la provincia de Neuquén. Las secuencias del linaje B.1.1.1 se encontraron principalmente en la zona Andina (Bariloche) y zona Sur (Jacobacci), y mostraron circulación sostenida desde los primeros meses de la pandemia. Finalmente, las secuencias del linaje B.1.3 provinieron de las ciudades de Villa Regina, Viedma y Carmen de Patagones (provincia de Buenos Aires).
Cabe destacar que al compararlas secuencias de SARS-CoV-2 obtenidas en el período marzo-abril y las aisladas en el período posterior (abril-octubre), se observó que , en la mayoría de los casos se logró contener la circulación viral. Esto es, los clusters genéticos encontrados inicialmente (por ejemplo en la provincia de Neuquén) no se encontraron representados enel segundo período. Sin embargo, en algunos casos hubo evidencia de circulación sostenida de variantes virales que se establecieron en la población desde el inicio. Esto es, en los análisis filogenéticos secuencias del primer período se relacionaron en forma basal a las del nuevo período.
Por último, se encontraron algunos cambios aminoacídicos en distintas regiones del genoma viral, algunos de ellos en la región que codifica para la proteína Spike, en secuencias provenientes de las tres provincias (R21T, H49Y, G75V, A626S, E654Q, N925D, Q957L, T1027I). Por otro lado, en NSP3 se encontró una deleciónde 30 nucleótidos (NSP3_del387-396) asociada a un cluster genético de circulación sostenida en las provincias de Río Negro y Neuquén, apoyando la idea de que todas tendrían un ancestro en común. Este cluster genético contiene en forma predominante a las secuencias más recientes de estas localizaciones y resulta de especial interés para su seguimiento en posteriores periodos.
Una vez concluidos los análisis pertinentes relativos a esta etapa las secuencias serán subidas a la base de datos internacional GISAID. Mientras tanto éstas y todas las secuencias generadas por el proyecto PAIS están disponibles para los investigadores que desarrollan proyectos en el marco de la pandemia en el país y las requieren por ser información relevante para sus proyectos.